Idea 1:

Los pokémon legendarios no aparecen en la pokédex, ya que seria como poner en libros de historia universal "Y quetzalcoatl aparecio de los cielos y mato a un millon de españoles usando Fly y Iron tail" .-. Es decir, sean leyendas, solo contadas por la gente, pero que nadie o si acaso muy pocos les hayan visto, por lo cual, aún despues de capturados no aparezcan en la pokedex. Esto los haria pokémon aún más raros y misticos de lo que ya son en los videojuegos. Tambien, que sean más poderosos, ya que en los juegos normales de pokémon, a pesar de ser leyendas, hay pokémon con casí las mismas estadisticas y poderes.

Los pokémon legendarios podrian aparecer en ciertos santuarios, templos, etc. cumpliendo ciertas condiciones (ejemplo, tener un objeto e ir a tal hora) y sea en zonas que sean casí imposibles de acceder sin tener las 8 medallas (es decir los 8 movimientos ocultos), y el ratio de captura sea mucho menor que el de los juegos originales.

El producto de esta idea causaria lo siguiente: Pokémon legendarios mucho más raros, poderosos y dificiles de encontrar, que son las caracteristicas principales con las que se definia a Mewtwo y Arceus.

Tambien como parte de esta idea, al igual que en BW 2 podrias implementar formas despertar de los pokémon legendarios, que al entrar en contacto con algun objeto, sus estadisticas y apariencia cambien (Como deoxys con los meteoritos).

Como ultimo punto de esta idea, que los pokémon que compartan 1 tipo elemental se puedan unir con cierto objeto (Por ejemplo, Palkia y dialga, ambos son tipo dragon secundario) y que el tipo primario cambiase a uno intermedio (En este ejemplo, a Fuego, Agua vence a fuego y fuego vence a acero).

Idea 2:

MO's:

Movimiento fly pero no aplicable fuera de batalla en algunos casos; esto significa, que pokémon pequeños (más pequeños que el prota o con menos fuerza que el peso del prota) puedan usar fly en batalla pero no fuera de combate, es decir, deberas tener tu pokémon para vuelo evolucionado o muy bien entrenado.

Para poder usar movimiento Fuerza, el pokémon necesite una fuerza minima para poderla mover. Así como tambien rocas con distintos pesos, que bloqueen caminos segun tu avanze en la historia (Y que no sean caminos importantes por que si entrenan muchisimo solo a 1 pokémon y para el 3er gym ya son nivel 60, podran acceder a estas zonas sin problemas).

Esas son mis ideas, espero te gusten y wahpuntos