Algunas ideas:

~ Como Reshiram tiene relación con el fuego, podrías hacer "eventos en algunas partes con bosques quemándose o edificios.
~De la misma forma Zekrom podría provocar tormentas en algunas rutas para provocar realismo en el juego.

~Recuerda que tienen relación con el Yin-Yang, si tienes imaginación podrías sacarle provecho a ello.

~ Podrías cambiar el prota, o el nombre al menos para que sea mas original(solo un poco para que se sepa que es hijo de Ash, pero a la vez sea original).

~ Podrías poner a Kyurem, pero no como intermediario(se parecería mucho a Esmeralda), sino como lider/jefe de la ultima ruina.

~Te puedes inspirar en algún juego de Zelda para hacer tu juego(compara las mazmorras con tus ruinas, y los jefes de Zelda con los lideres de dichas ruinas.)

Eso por ahora, saludos y suerte en tu hack.