Ummm es claro que no funcionan xD Te entiendo porque me pasó lo mismo cuando empecé, pero es realmente sencillo. Hay dos opciones:

1 Abre tu emulador (VBA) y asegurate que esté activada la opción "Automatic IPS Patching" en el menú Options/Emulator. Hecho esto, pon en una misma carpeta la ROM base (Fire Red o Ruby) sin modificar, y ahi mismo mete el parche del hack (Los que hay en la web) pero asegurate de que tengan exactamente el mismo nombre y prueba.

2 Baja el "LIPS" es un programa que parcha la rom, y asi no tienes la necesidad de hacer lo anterior, simplemente parchas la rom y esta tiene los cambios aplicados. Cargas y juegas como si nada.