Pues probablemente sea el Vba ya que yo lo pongo en mi Visual Boy Advanced
y no me da problemas al guardar, abre el emulador.. SIN ABRIR EL JUEGO. ahora.. elige emulador.. luego ve a save type.. y marca la opción 128kb y marca TAMBIÉN automátic.... abre el juego y comienza una nueva partida.. ya que sí guardaste con el emulador la configuración no funciona.. inicia nueva partida.. y prueba sí puedes guardar.. y sí tienes ya una guardada en el emulador.. tendrás que deshecharla y volver a empezar,o intenta descargarte un nuevo emulador y una nueva Rom base, por si tienes Flojera aquí te las dejo:

http://www.vbalink.info/download-gba-emulator.htm

Descargar Pokémon Fire Red (USA)

PD: Elimina tu Emulador y pon esté, es el que yo uso y que no deveria de dar problemas,saludos.
Espero y te sirva!