Hola... Recomiendo probar con una herramienta que sirve para editar qué pokemon(es) inicial(es) comenzar, y ver si se puede eliminar alguno con ella. No recuerdo con exactitud su nombre. Sino hacer como dice arriba un script.
En cuanto a la segunda duda, (tenía la misma hace tiempo) Encontré dos formas: 1) hay una opción en advance map que dice "mover como jugador" o "imitar al jugador" (cuando creas un mini, a la orilla) entonces cuando crees uno hará los mismos movimientos que el player (principal). Sin embargo no es muy útil. 2) Hacer un minisprite aparte (ponte tú, pikachu con sus 8 movimientos) y luego colocarlo en cada mapa y hacer con scripts que te salga y te siga, pero esto de que te siga el pokmon no es muy fácil, pero no imposible.
Espero te sirva saludos.