Mira haz esto:

1º.Busca el trainer que kieres sustituir y su paleta original en unzl.gba.
2º.insertas tu trainer y le das a write to rom. marcas las dos casillas de arriba y la de export palette.
3º.le das a ok y si te sale un mensaje con un numero en hex, le das a cancelar, cambiasese nº a decimal (calculadora de windows) y en FSF pones ese nº en decimal en donde "bytes necesarios" y le das a buscar.
4º.vuelves a unlz.gba y vuelves a dar en write to rom, marcas todas las opciones y donde dice "image offset" pones la direccion ke te dio FSF
5º.Le das a OK y listo, ya tienes tu trainer.