Pues, sinceramente, he investigado un poco el tema de los scripts en los juegos de NDS, pero tampoco estoy muy al día en el hacking de los mismos. Lo que sí te puedo decir es que estos juegos todavía están bajo investigación y hay poca documentación y herramientas. Los que investigan y crean las herramientas son, principalmente, hackers de habla no hispana, por lo que las investigaciones y la posterior creación de herramientas se hará para roms en otros idiomas, generalmente en inglés. Lo que quiero decir es que muchísimas herramientas de las existentes no van a ser compatibles con el rom en español.

La herramienta PPRE de la que hablas es la herramienta más avanzada por el momento en hacking técnico de NDS y si no soporta roms españolas... En fin, mi consejo es que cambies a los juegos en inglés porque en español te va a costar más hackear.

PD: No digo que no exista la herramienta con soporte para roms en español, no lo sé, pero sí que con el rom en inglés llegarás más lejos xD