Para la primera duda: Has de usar una flag... Claro que supongo que le pondrás un Yes/No para que si elijes Yes te de el pokémon y si eliges No, no te lo dé. Lo que has de hacer es ponerle una flag que vaya al puntero de un msgbox. Para cuando ya te ha dado el pokémon, en lugar de salirte el Yes/No otra vez, o simplemente que no te dé el pokémon por si no usas el Yes/No, pues que te salga otro mensaje en el que te diga por ejemplo: "Ya te he dado un Pokémon... ¡No te pienso dar más!"

Segunda duda: Simplemente ponle otra flag que no sea 2500... Si el mini desaparece es porque esa flag ya está usada. Prueba con 4050

Tercera duda: Pues no se la verdad... Abre el primer script de la primera Pokéball, y luego el script en el que tienes ese problema, y mira a ver que sean igual, quizás hay algún error que no te has fijado. Si está igual que el primero, pon el código aquí para que lo podamos mirar y ver que falla.

Espero que te ayude. Un saluder! :D