Tienes que cambiarlos uno por uno, por ejemplo: Treeko es el numero uno. Si quieres que sea Chikorita, a Chikorita tienes que ponerle el número uno y a Treeko el número de Chikorita (Ahora no recuerdo cual... xD) y así con todos. Eso se hace con una herramienta, ahora no recuerdo cual. Si sabes cual es problema resuelto si no en un momento lo miro y edito.
Un saluder! :D

Edito: La herramienta es esta: Pokédex Order Editor. La puedes descargar aquí: http://wahackpokemon.com/descarga/herras/PokedexOrderEditor.zip