Eso es porque, para los tiles del tileset 0, que es el general que tiene los arboles, el Centro pokemon, la hierva, etc, tienes que usar las paletas del 0 al 5, las paletas del 6 para arriba corresponden a los otros tilesets, y cambian con cada pueblo, eso hace que el arbol sea de distinto color en cada lugar. Asi que necesitas cambiar esa paleta del arbol, que esta en el 12, a una del 0 al 5