¿Como puedo hacer para que se abra el cuadro con el texto (Y la pregunta Si/No) ????: Lo respondió Cheve.
Y para que la Pokeball no vuelva a aparecer?: En el Advance Map, clickeas en el mini de la Pokéball y vé hacia abajo. Ahí verás algo que dice "People ID", en esa casilla debes poner una flag que esté libre (si no sabes sobre flags -> http://wahackforo.com/t-12807/tutorial-sobre-scripts)
Y como hago, para que cuando eliga una pokeball, no me deje elegir las otras pokeball? Para hacer eso solo necesitas jugar con los "checkflag" y "setflag" en los scripts de cada Pokéball. Es difícil explicarlo así como así, pero una vez manejes las flags será pan comido.