Tu puerta, en cuanto a tamaño está bien, pero está mal ubicada en el TileSet, en el editor de Bloques (Donde pusiste el gráfico de la casa nueva) yo te recomiendo editar ese TileSet y correr la casa, por tu imágen, cerca de 4 pixeles a la izquierda, para que así coincida bien el tamaño del bloque con el tile en sí.

Y lo de que no entra a las casas es por el comportamiento del Tile, debe decir "Use Door / Warp"