Cada uno elige su rom vase respecto a comodidades.
Hoy en día, ninguna rom es mejor que otra.
Dado que todo lo que tienes en una, si sabes ASM lo puedes aplicar en la otra.
Ademas no hay grandes diferencias dado que el creador de dicho juego son los mismos (gamefreAk).
Asi que usalo a gusto tuyo y por documentacion.

A mi en lo personal megusta mas rubí, porque siempre he trabajado en ella y todos mis conocimientos de donde se ubica cada dato es en ella.
Asi que tu decides.. Si te guta fr pues fr, si no esmeralda y si no rubi.

Y si, pierdes el trabajo a medias, porque siempre puedes exportar los graficos y volverlos a importar.