Vale, con mas detalles es mas fácil ayudar.
Dices que en una rom limpia si funciona, ¿has insertado ya otros tiles en tu hack?
De ser así puede que el tileset se haya repunteado y por eso al aplicar el parche pasa esto, es mejor no aplicar parches de tiles en roms que ya no estén limpias, es decir, en las que ya hayas hackeado.

Te recomendaría esto:
Aplica el parche en una rom limpia, y la abres en ad-map.
Luego te vas a pueblo paleta (o donde estén los tiles del parche) y en el block editor, exportas los tilesets, los bloques y las paletas.

Luego, abres tu hack en ad-map, y haces el proceso al contrario, en el editor de bloques insertas el tileset, los bloques y las paletas. Recuerda insertar las paletas en el mismo nº de paleta que tenían cuando las exportaste en la otra rom.