Al parecer solo cargas la paleta sin escribirla al ROM, para eso al cargar la paleta debes darle a "Write Palette to ROM" y se guardara la paleta, luego exportas el tileset, metes tus tiles y listo, no deberia haber error si haces eso.
EDIT: Para no dañar los tiles existentes carga la paleta en la Paleta 7 o superior (En rubi creo que hay que usar un parche para ocupar la paleta 12)