A ver... pues organizas la paleta 0 por ejemplo, que es donde suelen estar las flores, arboles, planta y hierva principal, con varios tiles, que adaptas a 16 colores(15+el transparente que quieras). De forma, que entre los tiles que usarás en esa paleta, no habrá más de 16 colores diferentes (contando el transparente).

Una vez hecho esto exporta tu paleta y cárgala con AdvanceMap, dale en write pallete changes to ROM. Ahora exporta el tileset principal (o secundario, depende de donde quieras meterlo) con esa paleta puesta en advance map. Ahora abrelo con paint y pega los bloques de los tiles que quieras encima de los otros. Guarda. Insertalo en el Rom con AdvanceMap y ya está.

La primera paleta suele contener plantas y alguna flor, la segunda montañas, la tercera paletas de edificios y algunos suelos, etc. Pero tú puedes organizarlas como quieras.