A mi nunca me pasó nada de eso...
UnlzGBA está bugeado, quizás tengas problemas por la herramienta... Existe un UnlzGBA "Hacked" (Algo asi como una reversion) que tiene menos bugs y es mas eficiente. Por otro lado, te recomiendo NLZ Advance.
Saludos!
PD: A mi nunca me paso, en FR, todo, absolutamente TODO, lo pongo despues de 0x800000