Pues lo primero, se puede, pero requiere que hagas una rutina ASM (No se si habrá otra forma) para editar bits de los pokémon salvajes del mapa.

Y lo segundo, debes buscar que cada Pokémon tiene su propia animación aparte de su sprite original. Si no sabes como cambiar graficos con Nlz o Unlz, te recomiendo cambiar de Base :)