Lo único que se me ocurre, es saber cuanto ocupa cada mapa y donde está, y después "borrarlo" manualmente con HxD, pero no se yo si este método servirá, demasiado cutre xD

Aunque, ¿tanto espacio necesitas?
Que la rom de Fire red solo ocupa 8MB lo que ya tiene (y ni eso realmente), tienes más de 8MB libres para tí, además de que es expandible a 32MB sin bug alguno en emuladores.