Pues para empezar hasta las cualidades gráficas cambian, y ya en el foro francamente casi todo el mundo está usando Firered, muchisimos tutoriales están hechos para Firered, y en Pokeco es dificil (por no decir imposible) conseguir tutos buenos para Ruby, y que valgan la pena.

Así que las mejores bases para GBA son Firered y Emerald, aunque esa última no te la recomiendo.