Hola puño de fuego!!

Pues eso no es tan complicado como parece en parte:

Para seleccionar el mapa en el que apareces y la posicion Y lo puedes hacer con una herramienta llamada
"Start Map Chooser Advance"

Lo único malo es que no te viene con la posicion X, pero hay una forma de resolver eso. Te explico por pasos:

-Coje tu ROM y copiala.

-Abre la copia con Start map chooser advance y cambia la posicion Y (nada mas)

-Guarda y cierralo

-Ahora abre el HxD y abre las dos ROMS con el (la original y la copia) y le das a:
"Análisis>comparar archivos>Comparar"

Ahora como verás en cada ventana, hay un numero marcado ese es el que marca la posicion Y.

Pues bien es esa misma fila hay un 06, sustituyelo por el numero que podrías en la posicion X y guarda, ya está donde tu querías exactamente!!!