A mi me a pasado asi de veces (mierda, no puedo gesticular con mis manos, no puedes verme) Me ha pasado un huevo de veces (Ahora mejor)

Eso creo que simplemente es, que agrandaste el mapa o que al hacer algun script o insertar algo en el hack, has tocado sin querer el offset del mapa y se ha jodido.
La verdad no puedo decirte 100% el motivo del problema, pero la unica solución que hago yo cuando me pasa esto es:

O bien abrir mi copia del hack en A-map, (teniendo ese mapa sin errores), extraerlo e insertarlo en mi rom actual, reemplazando el banco y mapa del mapa jodido, o bien (si no tienes copia) hacer otra mapa igual dandole a "crear mapa" y lo mismo, insertarlo encima y sustituyendo el jodido por el nuevo.

Si haces esto, acuerdate de tener activada la casilla de "buscar offsets automaticamente" en el A-map.