Cuando cambias paletas en Advance map debes darle a write palette changes to rom (o algo asi,no recuerdo :S) de esta manera se graban,
Lo de caminar sobre/debajo del bloque es por el comportamiento Byte,es algo de lo mas comun,..yo tambien tuve problemas con eso alguna vez :P
Como se ve en la imagen,en los bloques que tienen "block is covered by hero" el bloque aparece cubierto
en los que no tienen nada,pasa lo contrario,
hay mas tipos de comportamientos pero esos ya te toca a ti descubrirlos..
PD: Aunque al ser problema de tiles es irrelevante el nombre y el idioma,procura seguir el adherido al pie de la letra ;)