Creo que esto estaría mejor en dudas, pero bueno, a ver si te sirve esto.

Comprobamos que la sprite esté con las medidas 64x64, la abrimos con IrfanView, vamos a Image >> Decrease Color Depth y marcamos "16 Color (4 BPP) y "Use Floyd Steinberg dithering".
Después la guardamos en el formato que vayamos usar dependiendo de el tipo de sprite que sea, ejemplo: si es un mini para el Overworld Changer debe estar en .bmp, pero si es una sprite para el Unlz GBA debe estar en .png.
Si no te funciona intenta indexarla con Photoshop, hay una parte donde puedes cambiar el modo, muchas veces viene RGB Color, así que ponemos indexed color y 16 colores.