1-¿Dices que te dan un pikachu con una pokeball, pero no quieres que esta pokeball sea usada?
La solucion que te ofrezco, es que en el givepokemon, pongas al byte que indica el objeto, un "00".
Así no tendrá ningun objeto equipado, y no podrás usar la pokeball hasta tener la pokedex. -O ponle una baya que siempre vienen bien...-
PD: El byte que indica el objeto es el tercero.
givepokemon 0xpokemon 0xnivel 0xobjeto 0x0 0x0
2-Eso se podría hacer, editando la informacion del pokémon. Se podría hacer bien con ASM, o -creo, ya que no lo he probado- con el WBTO. Ya que puedes alterar todo tipo de stats e info del pokémon, una vez que localices la direccion donde está ubicado el team.
Saludos