Mmm... es un problema bastante extraño. Sinceramente, ya lo había visto antes al jugar al Pokémon Blue Legend y, realmente, no sé cuál es el problema. Es posible que se deba a uno de estos problemas:

1º Re-utilizas scripts viejos y, al modificarlos, sus comandos cambian (para que lo entiendas, el script se fastidia).

2º Aún no programaste un script que te otorgue al Pokémon inicial, por lo que es totalmente normal que te encuentres huevos malos en el equipo y en la caja. Y no sólo huevos malos, sino también MissingNo.'s.

No se me ocurre nada más. Por cierto, ¿usas una rom base en idioma inglés o en idioma español? ¿Usas la versión 1.0 o la versión 1.1?

Saludos.