Pues sí que existe una manera. Como sabes exactamente lo que has hecho mal, puedes utilizar la técnica que sale explicada aquí, en este tutorial de WAH, para rescatar tu ROM: http://wahackpokemon.com/es/tutorial-gba/rescatarom

Si tienes alguna duda sobre el tutorial, pregunta por aquí =) Y la próxima vez, en lugar de quitar lo de "autoabort" (¡nunca lo hagas! Casi siempre te cargarás la ROM), aprende a repuntear imágenes y así solucionarás los problemas de espacio ;) Si repunteas la imagen a otro sitio de la ROM, no tendrás ese problema de "Compressed size is too big", aunque creo que hay imágenes con las que no se puede hacer, así que sólo tendrías que probarlo. Yo no hackeo Firered, así que no sé decirte si en tu caso podrías hacerlo o no.

También te recomiendo ir haciendo copias de seguridad cada vez que vayas a editar alguna cosa en la ROM, por pequeña que sea.

Espero haberte ayudado.