Eso es fácil de solucionar ^^
Mira, una vez tienes el sprite indexado (aunque te queden mal el fondo y todo eso), ábrelo con Paint. Abre también con Paint la versión sin indexar del sprite (donde se veía bien el fondo), copia el sprite sin indexar y pégalo en la imagen indexada. Ya está: ya tienes la imagen indexada y que se ve correctamente =)
Por cierto, yo también te recomiendo NSE en lugar de Overworld Editor: hace lo mismo, pero con aún más opciones, y es más moderno ^^
¡Saludos!
Rayku Rayquaza (Ray Laé Àlfori)