Probablemente, el problema es que, sin darte cuenta, has borrado algún trozo de esos tiles cuando has editado el tileset. Por ejemplo: puede que hayas puesto otro tile encima de la flor y que se haya borrado, y que sin querer también hayas borrado la parte de abajo de la hierba. Es la única explicación que se me ocurre.
De todos modos, cada vez que edites el tileset y le des a "write palette changes to ROM", es recomendable abrir otro mapa donde haya un tileset diferente (por ejemplo, el interior de una casa) y luego volver a cargar el mapa que estabas editando antes. Si no, a veces A-Map tiene bugs. Pero no creo que sea el caso.
¡Saludos!
Rayku Rayquaza (Ray Laé Àlfori)