Lo de la batalla 2 vs 1 es muy facil..
Cuando creas un entrenador o en este caso 2 aparece unas opciones que son
Male-Female-Mixed (desde el editor)
Escoges Mixed y le das 1 pokemon a cada rival (o los que quieras)
Para pelear se necesitan 2 pokemon..o da error (eso creo)
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Lo del gym leader es con un script:
$Trainer.badges[0]=true
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Y lo del pokemon salvaje eso es con un script como el de arriba pero no puedo ayudarte porque no recuerdo como era n_n