No puedes convertir los mp3 en midi, pero si se trata de alguna melodía de GBA, sí que puedes "construir" el midi, pero a partir de archivos .wav. Te explico, el VBA lleva una opción incorporada para regular los canales de sonido (si no recuerdo mal, A y B, y dentro de cada uno, hay un total de 4 canales). Lo que debes de hacer es hacer un save state en algún mapa (es decir, guardas), desactivas todos los canales menos uno, sales al mapa que tiene el sonido de interés y grabas el sonido de ese canal.

Luego, repites el procedimiento con el resto de canales, hasta que tengas todos los canales en formato .wav. Una vez los tengas en formato wav, busca un conversor online de wav a midi y convierte cada uno de los sonidos en midi. Una vez los tengas todos, coge tu programa de modificación de midi y vas insertando cada uno de ellos en un canal (es decir, si hay 8 midis, pues 8 canales para cada uno).

Por último, adapta los instrumentos y... voilà!