Yo, como todos sabréis me dedico al RPG Making y no al Rom Hacking pero el RPG Making no es todo un camino de rosas.

RPG Making
Principales problemas:
- Lag a medida que avanzas.
- Al ser una base no oficial tiene mas bugs de lo normal.
- Actualmente sólo puedes elegir Pokémon Essentials puesto que es el único Starter Kit "normalito".
- Si no sabes de Scripting te limitarás a lo ya hecho, no podrás cambiar nada de la estructura del juego.
Pros:
- Sin límite de paletas.

Rom Hacking
Principales problemas:
- Límite de paletas.
- Mayor dificultad a la hora de crear NPCs.
Pros:
- No hay nada o casi nada de lag.
- Muchísima mejor jugabilidad.
- Al estar editando un juego oficial hecho por profesionales no encontrarás tantos bugs.

Probablemente haya más problemas en el Rom Hacking pero como yo no sé sobre éste no voy a opinar mucho más.
En fin, a mi las dos opciones me parecen buenas, en Rom Hacking puedes hacer un juego más estable pero te costará más trabajo y en RPG Making te costará menos trabajo pero en cambio tendrás un juego más inestable.