Para poder parchar necesitas descargarte el Lunar IPS, que te dejo el link más abajo, y el rom base en el cual desarrollaron el hack (si mal no recuerdo, el Sienna está hecho en base al Fire Red). Después de eso abres el parche con el Lunar, lo cual es automático, y luego aplicarlo al rom original sin modificaciones. Después de eso el rom en el cual parchaste ya tendrá la información del juego y lo podrás jugar tranquilamente con tú emulador.

El link del Lunar, por si no lo tienes, es:
FuSoYa's Niche - Lunar IPS (LIPS) - IPS Tool

Dejo el tema abierto unos días más, por si te surge una nueva duda.