Tu hack tiene un punto fuerte: GBC, dispones de una serie de ventajas como el factor retro, una exclusividad parcial y la posibilidad de jugar el título en consolas portátiles, cómodamente, a partir de un emulador. Un cambio a GBA puede suponer una mayor inversión de tiempo y una pérdida parcial del interés, al menos por personas como yo, por el asunto de la portabilidad.
Sin embargo, te animo a que desarrolles los dos proyectos en paralelo si dispones del tiempo necesario.
PD: Por si no ha quedado claro, no.