Como ya han dicho, la ventaja de hacerlo como RPG es que no tienes los limites que tienes en GBA y puedo hacer el juego más a tu gusto.
Ya es cosa de cada uno, si quieres tener tu bonito hack de Pokémon en GBA como todos hemos soñado de pequeños. O si prefieres crear tu RPG a tu gusto, con los menus como quieras, posibilidad de hacer practicamente lo que quieras, etc. o.O
Ventajas, pues hombre, si no me equivoco hay programas que permiten hacer RPGs y crear .apk para mobiles con ellos, pero hay que pagar. En cambio en GBA pues es más sencillo jugarlo en el mobil por ejemplo :blush:
Ya a gusto de cada uno :D