Mi opinión es hacer mezcla de las dos ideas.

Por una parte se me hace monotono tener los mismos pokemon de Kanto en las rutas, es a lo que ya estamos acostumbrados y deberia haber sosrpresas.

Por el otro lado, se me hace muy radical que cierta zonas hubiera especias similares, por decir ruta 1 con Pidgey, Hoothoot, Taillow y Starly (asi lo entendi), ya que como mencionas las stadisticas no son las mismas y en el juego medio Starly es un PODEROSO aliado.

Yo opino que una pokedex tan variada se presta a mezclar pero con coherencia. Si hay 5 rutas donde predominan los Rattatas pues hay que variar, en una ponemos Rattas, en otras Sentret, En otras Zigza y asi sucesivamente. Incluso pueden hacer variaciones donde el porcentaje de aparicion de "X" pokemon es comun y de "Y" pokemon es raro y en otras rutas Viceversa.