Os voy a dejar unas cuantas observaciones sobre la Edad Media, no voy a desarrollar demasiado, si hago algún hack de este tipo será dentro de bastante tiempo.

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Primero y más importante: NADA ARTIFICIAL. No existen pokemones tipo Grimer, Porygon o Magnemite.

Tampoco existen pokeballs, luego los bichos se capturarán en bonguris/apricorns.

No hay PCs, ergo habrá que hacer algo en este sentido. Por ejemplo, una granja en tu pueblo. [1]

Habría que hacer una modificación en los tipos. El tipo siniestro, como tal, debería ser algo así como "demoniaco" o "maléfico". [2]

¿Máquinas técnicas o ocultas? Ni pensarlo. Serían sustituídas por tutores de movimientos, o ¿pergaminos?

Nada de laboratorios, recuerda que a aquél que pensaba lo llevaban con su Creador.

Esto me lleva a que Dios es el centro de todo, métele un par de veces en el argumento.

¿Qué tal si en vez de líderes de gimnasio te enfrentas a caballeros de cada ciudad? Por ejemplo, torneos...

El equipo antagónico bien podría ser una secta demónica.

La medicina actual no se había inventado, podrías hacer énfasis en las hierbas y bayas.

Si se me ocurre algo más lo iré poniendo por aquí.

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[1] Una granja podría ser el PC con fondos de tierra o hierba, nadie se dará cuenta.
[2] El tipo fantasma, así como el psíquico, podría ser tipo "místico", "alma". En contraposición al tipo "oscuro", "demoniaco" o lo que sea.