Personalmente no es que me atraigan demasiado las mega-evoluciones. Tampoco estoy familiarizado con el método de los videojuegos X/Y ni con el del anime, pero según mi opinión, utilizar los dos momentos que mencionaste en conjunto sería lo mejor.

Lo que quiero decir, es que se pueda mega-evolucionar dentro de una batalla, pero también fuera. Aunque esta mega-evolución fuera de batalla no debería ser permanente, sino reversible con la misma megapiedra, algo así como el cambio de forma de Shaymin en el Pokémon Ruby Destiny Life of Guardians (básicamente, al darle un objeto cambia su forma y al volver a dárselo vuelve a la forma en que estaba antes). O sino, que dure un tiempo determinado (como creo haber entendido que alguien dijo arriba).