Final Fantasy VII Crisis Core inicia con la aparición de nuestro protagonista, Zack Fair, haciendo una típica misión de entrenamiento en un simulador, sobre un tren, algo realmente épico, esquivando balas y acabando con enemigos. Luego de que termina la simulación, Zack es llamado a ir a Wutai, lugar donde se le concede la misión de acabar con unos SOLDADOS desertores de ShinRa, bajo el mando de Géneiss, nuestro antagonista principal, siendo Génesis un ex Soldado de Primera Clase, osea, se puede decir que su fuerza es abrumadora.

Zack termina su misión en Wutai (Y de paso conoce a Yuffie Kusaragi ahí mismo, en Wutai) pero su mentor, y soldado primera clase, Angeal, desaparece.

ShinRa descubre que Génesis está creando copias de sí mismo en un pueblo llamado Banora, lugar de infancia y nacimiento de Angeal y Génesis. A Zack se le encomienda la misión de destruir la fábrica y acabar con Angeal si es que puede, así como con Génesis, pero nunca lo logra. Zack vuelve a Midgar y es ascendido a primera clase luego de su hazaña de destruir la fábrica.

Luego de Zack volver a Midgar, va con nuestro famoso camarada, SOLDADO primera Clase en esa época, al igual que Zack, al reactor Mako, puesto que Midgar está siendo atacada y allí yacía el por qué. Zack descubre que Génesis está siendo ayudado por un ex científico de ShinRa, Hollander, debido a que él se iba deteriorando poco a poco, ya que Génesis no es un humano como tal, si no una creación de ShinRa.

Hollander intenta escapar, y convoca una bestial máquina, la cual es destruida por nuestro gran héroe, Zack Fair, luego de cortarla por la mitad con una simple espadita de un SOLDADO de segunda clase.

Angeal sale de la nada, luego de haber destruido la máquina, con un ala blanca, y le dice a Zack que se ha unido a Génesis, porque ahora es un monstruo y lanza a Zack por un agujero. Zack aparece encima de unas flores encima de los suburbios de Midgar (Sí, las flores esas del Advent Children) y conoce a Aeris. Aeris se enamora a primera vista de Zack.

Unos animales atacan a Aeris y Zack la salva, como recompensa, Zack le pide a Aeris una cita, al principio era de pura coña, pero Aeris lo tomó en serio, y ahí fue donde Zack le compró su lazo rosa. Al final, Aeris se convierte en su novia.

Luego de volver a las instalaciones de ShinRa, a Zack se le encomienda la misión de ir a acabar de una vez por todas a Génesis, sin embargo no lo logra. Zack en medio de la misión conoce a un candidato de SOLDADO que estaba en aprietos, y lo salva, resulta que éste candidato a SOLDADO es Cloud. Zack continúa en busca de Génesis, pero termina por encontrarse con Angeal. Angeal le dice a Zack que definitivamente se había convertido en un monstruo y que Hollander era su padre. Por lo que Angeal decide por matar a Zack y se fusiona con muchísimas bestias poderosísimas para intentar matarlo. No lo logra, para ser sincero, Angeal es rebanado en trozitos por Zack, luego de una intensa batalla.

Angeal muere, pero antes de morirle... le dice una frase épica. Su honor como soldado, sus sueños.. pasaban a ser de él. También le entrega lo más importante para él, la Espada Mortal, una enorme y pesadísima espada más grande que Zack, y Zack la toma, entre lágrimas, orgulloso.

Pasan dos años desde eso, Zack ha crecido y madurado más. Se encontraba en Costa del Sol junto a Cissnei tomándose unas sexys vacaciones. Luego de ser atacado por unas copias de Génesis, vuelve a ShinRa y se le da la misión de ir a Junon para atraprar a Hollander pero vuelve a escaparse. Luego va a Nibelheim, lugar donde se encontraba el reactor Mako, y donde Zack Fair conoce a Tifa. Aquí ocurren unos hechos impresionantes. Sephiroth se cuenta de que no es más que un monstruo creado por ShinRa, o más bien, Hollander, e incendia el pueblo. Zack se llena de furia y va al reactor Mako, pero Sepiroth ya se había fusionado con la corriente Mako, y su madre, Jénova. Zack sostiene una lucha contra Sephiroth, la cual gana, con ayuda de Cloud (Zack deja muy mal trecho a Sepiroth y cloud llega y simplemente le clava su espada para vencerlo).

Luego de esto, Zack y Cloud se desmayan, y despiertan dos años después, teniendo encima de ellos, una increible cantidad de Mako Energía y Zack toma la decisión de desertar de ShinRa junto a Cloud. Zack lleva a Cloud por prácticamente todo el mundo. En uno de sus viajes, Zack logra averiguar dónde se encontraba Génesis, va y literalmente, acaba con él. Para siempre.

Zack al haber desertado de ShinRa, y al haber sido el último SOLDADO Primera Clase vigente, se ve perseguido por TOOOOOODAS las tropas de ShinRa, excepto los Turcos que querían salvar a Zack, principalmente Cissnei. Al llegar a la frontera de Midgar, Zack se da cuenta que un ejército completo, 10mil hombres, helicópteros armados y demás le esperan. Zack toma su enorme espada y se prepara para la batalla. Claro, luego de esconder a Cloud debilitado por el exceso de Mako Energía en un lugar seguro. Zack logra acabar con todas las tropas de ShinRa, ABSOLUTAMENTE TODAS... un ejército completo contra un hombre.. y gano el único hombre, sin embargo salió demasiado mal trecho de la batalla, debido a que el exceso de Mako Energía lo estaba debilitando (Sí, si hubiese estado en condiciones normales, hubiese ganado a todos sin despeinarse). Zack en su lecho de muerte, le entrega la Espada Mortal a Cloud, que llegó arrastrándose ante Zack y le dice que su honor, sus sueños, sus metas y sus logros, pasan a ser de él, que él es su nuevo legado. Zack le pregunta antes de morir... Hey Cloud ¿Crees que yo logré cumplir mi sueño.... ser un héroe? (Esta es la parte donde no pude aguantar tanta emotividad y rompí a llorar) y Cloud se queda callado. Zack muere y Angeal baja del cielo por él en forma de Ángel y Zack le dice que él también quiere esas alas. Aquí termina la historia de Zack, y llega su sucesor de mierda, y la verguenza de FF7 en mi opinión, Cloud Strife. Cloud aparece de la misma manera épica que Zack sobre un tren en el sector 7 de Midgar, vistiendo un uniforme de SOLDADO.