Final Fantasy IX comienza con Yitán y la banda de teatro de Tántalus secuestrando a la princesa Garnet von Alexandros de Alexandria durante la celebración de su decimosexto cumpleaños. Para su sorpresa, el grupo se entera de que la princesa, preocupada por el extraño comportamiento de su madre, la reina Brahne, en realidad quiere escapar hacia el reino de Lindblum para encontrarse con el regente Cid, un buen amigo de su ya fallecido padre; y en orden de hacer eso tenía planeado fugarse con el grupo de teatro. El Prima Vista, la nave de la banda de teatro es atacada por la guardia real durante su escape y debe hacer un aterrizaje forzoso en el Bosque Oscuro, obligando a Yitán a continuar su viaje hacia Lindblum sin el resto de la banda de Tántalus. Yitán y Garnet son acompañados por Vivi (un enigmático mago negro) y Steiner (el capitán de los Caballeros de Pluto de Alexandria), quienes se vieron envueltos con el grupo de Tántalus durante su escape del castillo. Durante su viaje, Garnet adopta el alias de "Daga" y se esfuerza para mezclarse con los campesinos y sus costumbres. En el pueblo fronterizo de Dali, el grupo descubre una fábrica que está creando magos negros guerreros sin alma para que el reino de Alexandria haga uso de ellos. Mientras, tres poderosos seres llamados Vals Negros son enviados por Brahne para que recuperen a Garnet por la fuerza, pero sus intentos son en vano.