Hace aproximadamente 823 años, una estrella gigante explotó soltando una gran masa de fuego (Una supernova, de ahí que el juego se llame Pokémon Supernova) que agitó el universo entero. Eso causó un gran impacto en el ecosistema de los planetas. Empezaron a desarrollarse unas criaturas muy extrañas a las que se les puso el nombre de Pokémon. Desde ese instante se comenzó a estudiarlos. Los científicos descubrieron que estas criaturas eran de naturaleza pacífica y que podían convivir con los humanos... hasta hace 700 años. Hace 700 años se creó una organización llamada "los aztecas oscuros". Ellos dicen que viajaron en el tiempo gracias a una misteriosa y oscura fuerza de su jefe para apoderarse de este mundo y de todos los Pokémon que habitan en él. Se escogieron a unos entrenadores a los que se les hechizó para ser inmortales y se les encargó el deber de proteger este mundo. A estos entrenadores se les llamó los guardianes. Como vieron que no era suficiente, se nombraron a otros 5 entrenadores inmortales, más fuertes aún, para que formaran un equipo llamado "el Alto Mando". Al más fuerte de ese equipo se le llamó Campeón y los guardianes y el Alto Mando le declararon la Guerra a los Aztecas Oscuros. Fué una lucha que duró cientos de años y que acabó con la victoria de los Guardianes. Hasta este mismo año, el mundo se ha mantenido en paz, pero se rumorea que los Aztecas Oscuros han vuelto a las andadas y más fuertes que nunca. Los guardianes y el alto Mando siguen luchando, pero ahora ya no son inmortales. Sus poderes se quedaron encerrados en unas piedras extrañas (medallas) porque hace 15 años nació una persona encargada de luchar y acabar con los Aztecas Oscuros, consiguiendo y luchando por los poderes para conseguir un nuevo puesto en el Alto Mando, un puesto nuevo, el Campeón de Campeones. Tú eres una persona de 15 años, con el sueño de convertirte en ese Campeón de Campeones. Vives en un tranquilo pueblo llamado "Pueblo Semilla" en la región de Sky Blossom. Cuando escuchaste esa leyenda de los Aztecas Oscuros decidiste restaurar la paz en el mundo. Este viaje va a ser duro, pero a tu lado tendrás la compañía de tus amigos. Recibirás un Pokémon y te convertirás en un gran entrenador.