Interesante Eing, pero no veo del todo factible las opciones que das, aunque no esta de mal probarlas a ver si funciona.
Para cambiar el mini por otro de una forma totalmente SEGURA es editando el code Asm que carga el mini(Haciendo algo parecido a la rutina shiny de mastermind) de forma que segun una var de la ram, carga tal mini.
Lo bueno de eso es que puedes cargar MUCHISIMOS minis con un simple setvar(Ya que las variables se guardan en la RAM). De hecho, ese es el metodo que utilize para crear mi sistema de multimapas.
Lo malo es que SI O SI, debes manejar el Asm a nivel de HEX, ya que a la hora de editar el code nativo de la rom los compiladores son muy impracticos, por eso yo hago mis rutinas en Hex.
No obstante considero que pruebes primero las opciones que has planteado y si no, pues Asm y Disassambler con eso.
:D