Lo de aplicar en un Rom limpio es solo una precaucion dependiendo de que tan avanzado sea tu trabajo con los tiles extendidos, pero mas bien va enfocado al repunteo de mapas.

En realidad, aunque tengas tiles extendidos y los hayas repunteado y expandido no tendria por que dar problemas, ya que las modificaciones son dentro de los mapas.

Otra cosa que modifica son la asignacion de scripts al NPC, por lo que si usaste Johtomap para agrandar la event map no funcionarian dichos cambios en ese mapa, pero la verdad es que muy poca gente se pone a agregar mas NPC o Warps en el centro pokemon.

Al final no hay ningun problema de que apliques el parche, pero si te recomiendo que saques un respldo de tu rom antes de hacerlo.

Pruebalo y nos cuentas que tal.