Hablando profesionalmente lo mejor es la especializacion.
Bien dice el dicho "el que mucho abarca poco aprieta".
Pero no se puede negar que a la hora de jugar es super comodo que todo este en el mismo edificio. Ademas que dentro de las limitantes de GBC los mapas extras nos vienen bien.
Respecto a de "arreglar" los pueblos excluídos no creo hacerlo, eso es mas bien del gusto de cada hacker por que a mi en lo personal me parece que quitaria la esencia de los pueblos. Por ejemplo Goldenrod, no seria lo mismo si en lugar de su macro tienda compraras todo con un mismo tipo, aunque me gusta la idea de hacerlo a la inversa, mover el centro pokemon al primer piso de la Dep. Store.
Otro caso seria el de Cianwood City, donde el tipo que te da la medicina vende cosas pero mas artesanales, mandarlo a una tienda seria hacerlo uno mas del sistema y no tendria "relevancia" en la historia como lo que es.
De cualquier forma ya dijo GOLD_Z!, los scripts son muy faciles de copiar una vez aplizado el parche, asi que con un minimo de esfuerzo se puede cambiar dichos pueblos.
Saludos y gracias por comentar.