haber, no se si te refieres a esto, pero puede ser que algunas imagenes del mapa esten, "raras" (?). Pues si es asi una de las opciones seria que en Villa Raíz tuvieses tileset1=0 y tileset2=1 por ejemplo y en la ruta 1 diferente.
Si no, explicate un poco mas, que quieres decir con alterado?

Salu2!!!