Yo te recomendaría descargar el programa de nuevo de otro sitio diferente al que lo descargarte, para evitar que sea el mismo y, en caso de que siguiera sin funcionar, probar con otro rom por si es problema del mismo.

De todas formas, no cambies el tamaño de los mapas. Da una cantidad enorme de problemas y te puede arruinar el rom. Los problemas son in game, por ejemplo, después de luchar que controles a un entrenador de la rota con las paletas del protagonista, problemas con la música, con eventos en general, con conexiones (y warps), que después de una batalla se te quede la pantalla en blanco... Vamos, muchísimos problemas. No te recomiendo cambiar el tamaño de los mapas para nada.