Claro, normal, es que lo peor que puedes hacer en un rom con advance map es cambiar el tamaño del mapa. Hacer eso es muy peligroso. Puede darte desde fallos menores como que no funcionen algunos eventos o que funcionen pero no correctamente, que se bloqueé en las batallas contra un pokémon salvaje o que al salir de una batalla controles a otro mini con las paletas de player, problemas con la música, etc, hasta problemas graves, como el tuyo. Te has cargado el mapa así que sólo veo 3 soluciones:

- Si tienes copias de seguridad, utilízalas.
- Si no tienes copias de seguridad, también puedes olvidarte de ese mapa y usar otros, pero no te garantizo que no te hayas cargado también algún mapa cercano...
- Empieza de nuevo.

Sobre los tiles, no, no te deberían dar ningún problema...