Mmmmm, creo que sé cual es la razon, ya que al ver las imágenes que se te quedan después puede que haya un problema en el segundo tileset. Mi pregunta es: Los tiles que estás insertando van en el primer tileset (izquierda) y los tiles que quieres insertar estan en el segundo tileset de la derecha)?
Porque si es así, es normal. La estructuración del tileset 0 debe de hacerse tan solo con la parte del primer tileset de la derecha, ya que si lo haces con otro tileset, no se guarda.

Si no es así, no se que puede ser.

Saludos!