No te confies en herramientas. En verdad no las hay muchas para los juegos GB/C, y la mayoría es poco útil, así que de antemano te dijo, que no merece tiempo buscarlas :D Todas las cosas se pueden hacer manualmente con el hex editor. Basta solo con un poco de paciencia y buen ánimo.

Así que, si stás decidido hacer tu GB/C Hack, te doy tutorials que pueden servirte de ayuda con tu problema (utiliza el traductor, si no sabes inglés):

• Scripting G/S/C (Para los scripts se puede utilizar el PKSV)
  
• Tutorial de punteros GB/C
  
• Escuela ASM
  
• Introducción al Hacking
  
• Básicos de edición Hex
  

En general lo que necesitas hacer es encontrar el offset de tu mapa (por mala suerte no tengo ningún listado de ellos : ( ), insertar un mini por allá, añadiéndole el puntero a la dirección dónde vas a insertar el script
(Por lo menos supongo que es asi. Es que yo mismo todavía soy un principiante con hex hacking).