Hola, yo solo te puedo responder a la segunda pregunta(creo que deberías explicarla mejor):

El juego tien un orden determinado de paletas: 4 son para tal, 4 para otra cosa, 4 para otra y 4 para otra. Creo que son hierba,arboles, troncos y 3 de flores con una de fondo (he dicho creo).

Pero ese orden es de esa pqleta, luego varía.
Si insertas una paleta de un tile, el orden varía, porque ese orden exacyo no se sigue( también en gamas de colores). Asi que si quieres cambiar las paletas te recomiendo que le des a la pieza de puzle, le des a paletas y a, show palette editor y vayas cambiando manualmente las paletas, fijandote en la claridad de los colores y en su correspondencia. Por ejemplo, en las cuatro de troncos, el color mas claro lo sustituyes por el color mas claro del tronco del tile, si es que lo tiene. Pero esto varía, así que comprueba que color corresponde al tile tu mismo( cambiandolo y viendo qué ha cambiado). Si lo has cambiado mal coge el color del arbol en el tileset del juego. Lo veras tu mismo, es dificil de explicar. Cuando termines, dale en paletas a write pallete changes to rom. Si no, no se guardarán( me paso como cuatro veces:XD: ) Te recomiendo que el tile lo metas con las paletas dl juego y despues se las cambies. Asi no te equivocaras tanto, a mi a veces me ha fallado.

Bueno, suerte, y, si no entiendes algo, me lo dices;)